后请朱元璋核实事件真实性，最终查明是被人冤枉的。翰林学士宋濂受其长孙宋慎牵连而获罪，被逮捕至京城判以死刑，马皇后恳请朱元璋像普通百姓一样善待老师，朱元璋不听，马皇后便陪太祖吃饭时既不吃肉也不喝酒，称在为宋先生做福事，太祖第二天便赦免了宋濂的死罪。安然离世洪武十五年（1382年）八月，马皇后患重病卧床不起。朱元璋遍寻天下名医为皇后诊治，马皇后深知自己病重难医，唯恐朱元璋迁怒降罪于医生，坚决不肯服药，当月溘然长逝，享年五十一岁。朱元璋下令京城文武官员服丧服27天，素服100天，全国停止音乐祭祀100天等。马皇后曾颁布懿旨“凡天下女子，毋论贫贱富贵，嫁为人妇之时，皆可着凤冠霞帔”。此外，她还将宋代的家法汇编成册，让后妃们朝夕攻读。这些家法的推行目的是规范后宫秩序，让后宫妃嫔们学习前代贤后的行为规范和品德修养，如贤良淑德、不干预朝政、节俭持家等诸多理念，使后宫管理更加有序，减少妃嫔之间的纷争，同时也向外界展现后宫良好的风气。